Bravely Default lấy bối cảnh ở một thế giới tên là Luxendarc, với tổ chức Crystal Orthodoxy đóng vai trò bảo vệ và giữ cân bằng cho thế giới này. Một ngày nọ, thế lực bóng tối tàn phá những tinh thể, đẩy thế giới rơi vào hỗn mang với vô số tai họa. Vestal của Wind Crystal (tinh thể gió) là Agnès Oblige đã trốn thoát được khi những tín đồ khác hi sinh để bảo vệ cô. Cùng lúc đó, một hố sâu khổng lồ đột ngột nứt ra bên dưới ngôi làng Norende khiến tất cả dân làng đều thiệt mạng, ngoại trừ chàng chăn cừu trẻ tuổi Tiz Arrior. Khi quay trở lại vực với hy vọng tìm thấy những người sống sót khác, anh gặp Agnès và tiên nữ cộng sự Airy. Sau đó, cả ba bị lực lượng từ Công quốc Eternia tấn công. Bọn chúng đang tìm cách ngăn Agnès đánh thức những viên tinh thể. Sau khi đánh bại những tay lính, Tiz quyết định đồng hành cùng Agnès với tư cách là người bảo vệ cô. Họ quay trở lại Caldisla và gặp một anh chàng bị mất trí nhớ tên là Ringabel. Anh sở hữu một cuốn sách có thể dự đoán các sự kiện trong tương lai. Ngoài ra, họ còn gặp Edea Lee, một người lính phe Eternia; cô đánh mất niềm tin, vỡ mộng và quyết định bỏ trốn khỏi lực lượng sau khi chứng kiến tội ác chiến tranh của vị sĩ quan chỉ huy. Cả nhóm du hành đến ba trong bốn ngôi đền và đánh thức từng viên tinh thể khỏi bóng tối, đồng thời phải đối mặt với lực lượng của Eternia. Trong cuộc hành trình, nhóm còn được Hiền nhân cổ đại Yulyana (Sage Yulyana) và Lãnh chúa DeRosso bất tử (Lord DeRosso) giúp đỡ. Cuối cùng họ đến được Eternia, quê hương của Earth Crystal và buộc phải đánh bại người trị vì của Công quốc là Braev Lee, cũng chính là cha của Edea. Sau đó, một cột ánh sáng sau đó trong Great Chasm khi Earth Crystal được đánh thức. Airy hướng dẫn những người khác đưa cô đến Pillar of Light. Sau khi cả nhóm cố gắng chống cự lại bạn thân của Edea là Hiệp sĩ bóng đêm Alternis Dim (Dark Knight Alternis Dim), một người có khuôn mặt giống hệt Ringabel, thì nghi thức của Airy đột ngột đưa họ vào một thế giới song song.

Cuộc hành trình bị lặp lại nhiều lần. Trong mỗi thế giới mà nhóm du hành qua, họ lại tìm thấy và đánh thức những viên tinh thể bị hỏng, Airy thực hiện nghi thức rồi cả nhóm lại bị ném vào một thế giới song song mới. Ở mỗi lần lặp đó, họ lại khám phá ra các các tình huống khác nhau mà họ gặp phải trong thế giới thực của chính họ và dần dần biết được một số sự thật về bản thân cũng như kẻ địch. Gần như tất cả những người Eternia mà nhóm phải đối mặt đều do Braev thu nhận vì lòng trắc ẩn. Binh lính Ertenia đa phần là những người bị Orthodoxy ruồng bỏ. Yulyana và DeRosso hóa ra là đồng minh của Braev đồng thời là nhân vật chủ chốt trong việc thanh tẩy Orthodoxy khỏi sự mục ruỗng. Trong chuyến đi, cả Yulyana và DeRosso đều đưa ra những lời cảnh báo tinh ý cho Tiz và Agnès biết về ý định của Airy. Ringabel lộ ra thân phận là một phiên bản của Alternis Dim, người bị kéo vào nhóm của Luxendarc. Anh từ từ lấy lại ký ức khi đi theo nhóm ở thế giới của mình trước khi chứng kiến ​​họ bị Airy giết sau khi cô biến thành quái vật. Trên thực tế, Airy đã thao túng cả nhóm và sử dụng các viên tinh thể để liên kết các thế giới. Cô làm điều này là để chủ nhân của cô, ác quỷ Ouroboros có thể tiếp cận và chinh phục Thiên giới (Celestial Realm).

Tùy thuộc vào người chơi, sẽ có hai kết thúc diễn ra:

• Kết thúc bình thường: xảy ra nếu Agnès phá hủy một trong các tinh thể sau khi phát giác ra kế hoạch của Airy, Airy sẽ giận dữ phản công. Sau đó, cả nhóm đuổi theo cô đến Dark Aurora và đánh bại cô, bất chấp những lời trăn trối rằng chính ác quỷ Ouroboros mới là mối đe dọa cho thế giới.

• Kết thúc kịch tính: người chơi đánh thức các viên tinh thể trên cả bốn thế giới, Airy lộ mặt và bị đánh bại. Cả nhóm đi đến gặp Yulyana và DeRosso, họ tiết lộ thông điệp của một "thiên thần", đó là một phiên bản của Agnès, từ một thế giới khác, đã chết do sự phản bội của Airy; cả hai lên kế hoạch cho sự xuất hiện của Ouroboros, và tất cả quyết tâm ngăn chặn con quỷ. Họ đi đến Dark Aurora và đánh bại Airy rồi bị Ouroboros nuốt chửng. Sau khi biết Tiz vẫn còn sống và bị giam giữ ở Celestial Realm. Ouroboros tấn công, DeRosso hi sinh để ngăn chặn sự tái sinh của hắn. Cả nhóm dừng lại khi Ouroboros bắt đầu hút lấy các thế giới để lấy lại sức mạnh, nhưng các phiên bản của họ từ các thế giới khác đột ngột xuất hiện, phá vỡ các liên kết được tạo ra bởi Ouroboros, giúp họ có cơ hội tiêu diệt hắn. Trước khi con đường giữa các thế giới đóng lại, họ kịp quay trở lại thế giới của riêng mình.

Trong phần kết, Agnès và Edea quay lại nhóm để cải thiện mối quan hệ tốt hơn giữa Orthodoxy và Duchy; Ringabel trở về thế giới của chính mình và lấy lại danh tính là Alternis Dim; Tiz bị hôn mê sau khi đi đến khu nghĩa trang của Caldisla và giải phóng Celestial Being bên trong anh. Trong một đoạn phim đặc biệt giới thiệu phần thứ hai, Tiz tỉnh dậy trong một bể nước hỗ trợ sự sống ở Eternia, trước khi được giải cứu khỏi Magnolia Arch bí ẩn.